Resztkowymi zmianami po korekcji ubytku przegrody międzyprzedsionkowej są: utrzymywanie się przecieku na poziomie przedsionków, powiększenie sylwetki serca, gradient ciśnienia w drodze odpływu prawej komory, anomalie zastawki dwudzielnej. Powiększenie sylwetki serca powinno ustąpić do roku po korekcji serca. U niektórych pacjentów, jeżeli przeciek przez ubytek jest duży, przed operacją istnieje niewielki gradient ciśnienia skurczowego pomiędzy prawą komorą a tętnicą płucną. Gradient ciśnienia normalizuje się po operacji. Z ubytkiem przegrody międzyprzedsionkowej często współistnieje wypadanie płatka zastawki dwudzielnej, a objawy kliniczne tego zaburzenia mogą się nasilić w wieku dojrzałym.

Następstwem korekcji wady są niemiarowości. Zaburzenia rytmu serca występują u około 20% pacjentów w odległym okresie pooperacyjnym. Najczęściej stwierdza się zespół chorej zatoki, prawdopodobnie spowodowany uszkodzeniem węzła zatokowo-przedsionkowowego lub jego tętniczki. U około 2% dzieci konieczne może być wszczepienie stymulatora serca.